如何给此项目贡献#
第一步：安装Github并克隆此项目#
1.从 https://desktop.github.com/ 下载安装好github desktop。
2.打开GitHub desktop。如果没有账号请点击Create your free account，如下图所示。
会弹出一个网站，填写网站所要求的信息,如下图所示。
输入邮箱收到的验证码，如下图所示。
后面的调查问卷可以不管。点击continue for free完成GitHub账号的注册。
4.注册完账户后，打开安装好的github desktop软件，点击sign in github。 会弹出一个网站，点击authorize desktop。然后会自动回到github desktop软件，点击finish。
5.接下来，点击Clone a repository from the Internet… 在弹出的框里选择URL。Repository URL中填写 https://github.com/abdusemiabduweli/CADD-tutorial Local path选择一个你想要保存此项目的文件夹，点击Clone，如下图所示。
就这样在电脑上安装配置好了Github，也下载好了一份此项目，项目所在文件夹地址就是你刚才在Local path输入的地址。
第二步：安装python#
1.从 https://www.python.org/downloads/ 下载安装好python。
第三步：安装Visual Studio Code并搭建好环境#
1.从https://code.visualstudio.com/ 下载安装好visual studio code。
2.打开GitHub Desktop，在如下图1所示的地方选择此项目 CADD-tutorial， 并点击2所示的按钮Open in visual studio code，如下图所示，打开Visual studio code。
如果出现如下图的提示，打勾1所示的框，点击2所示的按钮。
3.在visual studio code中点击1所示的extensions按钮，搜索ext:rst，点击2和3所示的插件的install按钮，安装这两个插件。
4.同样的，点击extensions按钮，搜索python，安装第一个插件。安装完后会出现如下图所示的界面，点击1所示的按钮，再点击选择2所示的文件。
5.点击Visual studio code菜单栏上的Terminal–>New Terminal，下图中的1所示的按钮，在下方窗口中输入pip install sphinx sphinx-autobuild，点击Enter键，等待安装完成。一般再次出现PS D:等字样时，表明安装完成。同样的操作，输入pip install furo，等待安装完成。
第五步：如何给此项目贡献#
如果完成了上面的操作，那么你的电脑上就保存着一份此项目。项目就在上面所示的Local path中的地址。如果打开文件夹，你能看到如下图一样的一堆文件和文件夹。
其中红色方框中显示的就是本网站（ https://cadd-tutorial.readthedocs.io） 的相关文件。改变我的Github账号上的CADD-tutorial项目中的这些文件，就等于改变本网站。浅绿色方框中的文件夹你可能看不到，这是因为我在深绿色方框中的文件（.gitignore）里列举了这个文件夹（用记事本打开此文件就能看到其内容）。.gitignore文件的详细介绍可以参考这个文章：https://www.jianshu.com/p/699ed86028c2 。剩余的文件都是我提供给你们的参考文献。这些文献大部分来自中国药科大学计算机辅助药物设计课程。因为我没有得到此课程负责老师们的同意（我没问，我怕他们不同意我上传这些文件到Github），所以我们的第一个目标是把这些文件都转换成rst文件。rst文件都在此项目docs文件夹里，后缀为.rst，这些rst文件都是遵循rst文件的语法规则，rst语法规则可以参考这个文章 https://www.sphinx-doc.org/zh_CN/master/usage/restructuredtext/basics.html#source-encoding。这些rst文件编辑完后上传到我的github账号中此项目时，会被自动 https://readthedocs.org/ 网站转换成html等文件保存在 readthedocs团队提供的服务器中。我们的此项目成果 https://cadd-tutorial.readthedocs.io （CADD教程网站）就是由它们免费提供的技术支持实现的，这里特地感谢他们。readthedocs不仅把rst文件转换成html文件，还会转换成PDF，Epub文件，这些文件可以点击下图所示的按钮下载。
我提供的文献都是PDF格式的，除非在电脑上阅读，但是其他设备上阅读起来非常差，也不能编辑。如果我们把我们的文献全部转换成了rst文件，我就能把这些pdf文件都删掉，这样也不会有任何版权问题。我们的此项目遵循GNU协议，包括我们的rst文件，详情请阅读项目中的LICENSE文件。
那么怎么编辑我们的项目成果 https://cadd-tutorial.readthedocs.io （CADD教程网站）？ 前面提到了只要我们编辑此项目中docs文件夹中的文件和.readthedocs.yaml并上传到我的GitHub账号中的CADD-tutorial项目，CADD教程网站就会自动地被改变。.readthedocs.yaml文件是CADD教程网站的配置文件，可以先不管，若感兴趣，详情请阅读这个文章 https://docs.readthedocs.io/en/stable/config-file/index.html 。打开docs文件夹，你能看到以下文件
其中images保存此网站中用到的图片。Conf.py和requirements也是此网站的配置文件，也可以先不管，详情请阅读这些文章 https://www.sphinx-doc.org/en/master/usage/configuration.html https://pip.pypa.io/en/latest/user_guide/#requirements-files。其他的rst文件就是CADD-tutorial网站中各网页的内容，需要用rst语法规则编辑。rst语法规则可以参考这个文章 https://www.sphinx-doc.org/zh_CN/master/usage/restructuredtext/basics.html#source-encoding。打开我们的此项目成果-CADD教程网站 https://cadd-tutorial.readthedocs.io 就能看到首页，首页对应的rst文件是index.rst。在左侧能看到分子力学、分子动力学、定量构效关系、人工智能、基于结构的药物设计、基于配体的药物设计、如何给此项目贡献等网页。这些网页所对应的rst文件分别是 MolecularMechanics.rst MolecularDynamics.rst QSAR.rst AI.rst SBDD.rst LBDD.rst contribute.rst。编辑相应的rst文件就相当于编辑了相对应的网站。最后只需上传到我的github账号中CADD-tutorial项目中。
下面我给你们演示编辑“如何给此项目贡献”网页。 打开Github Desktop，选择CADD-tutorial，如下图所示
点击open in visual studio code打开visual studio code 点击docs,双击打开contribute.rst，如下图所示
编辑完此文件后要保存。如果想要看网页效果的话，点击右上角的如下图所示的按钮就能显示网页效果。
最终打开github desktop就能发现跟如下图相似的界面。
点击1所示的commit to master，再点击如下图所示的push origin
如果你账号没有此项目的fork的话，就会出现如下图所示的提示，需要点击fork this repository。这操作意味着你在你的账号中复制粘贴了我github中此项目的文件
如果你想要给此项目贡献，那你需要选择如下图中的第一个选项to continue to the parent project并点击continue。如果你想要独立建立此项目的克隆项目，那你选择第二个选项for my own purpuses并点击continue。 当然这里我希望你选择第一个。
然后你需要重新点击push origin。 然后，打开浏览器，打开github.com，登录你的账号，你账号里就能看到此项目的克隆项目，如下图所示
点击打开此项目，点击contribute，再点击open pull requesat，如下图所示。
最后点击create pull request，如下图所示，
按照如下图所示的填写表格 点击create pull request，你就能对此项目做出贡献了。当然你做出的贡献需要我的审核，等你擅长使用github等软件技术后，我就给你权限，这时你不需要等待我的审核就能给此项目做出贡献。
如果想要添加新的网页或者删除网页，只需添加或删掉对应的rst文件并在index.rst文件中.. toctree::的下面添加或删除相应rst文件名称。
非常感谢大家对此项目的支持，如果有任何问题可以联系我。我推荐使用github的isuues来提出问题，大家也可以帮你解决问题，我也会用我的第一时间去回答你的问题。
如果想要进一步学习相关技术软件，请阅读以下文章，教程视频。 关于git： 关于vs code: 关于sphinx：https://www.sphinx-doc.org/en/master/index.html。 关于rst：